Практикум 7. Uniprot и Refseq Protein

1)Таблица с информацией о белке:

Uniprot ID	O66728_AQUAE
Uniprot AC	O66728
Refseq ID	NP_213288.1; WP_010880226.1
PDB ID	1VFG; 4WBY; 4WBZ; 4WC0; 4WC1; 4WC2; 4WC3; 4WC4; 4WC5; 4WC6; 4WC7; 4X0A; 4X0B
Длина в аминокислотных остатках	824
Молекулярная масса в Дальтонах	94658
Рекомендуемое Unirpot название	ECO:0000313; EMBL:AAC06692.1

Данный белок является поли-а-полимеразой, выделенной из термофильной бактерии Aquifex aeolicus . Его последовательность можно посмотреть по этой ссылке.

2)UniRef позволяет найти белки со сходной последовательностью (100%, 90%, 50% сходства). Описание кластеров UniRef приведено ниже:

UniRef100: идентификатор UniRef100_O66728, 1 запись (собственно рассматриваемый белок O66728)
UniRef90: идентификатор UniRef90_O66728, 1 запись (аналогично)
UniRef50: идентификатор UniRef50_O66728, 6 записей (O66728б(рассматриваемый белок), D3SLB4, A8UST1, UPI000570E6E2, W0DG97, D3DGT0)

3)Отчет по поиску:

Поиск по названию (SubName) Poly A polymerase (запрос name:poly a polymerase) дал 81411 результатов, 4002 из которых рецензированы (из отдела Reviewed)
Поиск по названию среди белков того же семейства (name:poly a polymerase taxonomy:aquificaceae) дал 9 результатов, рецензированных нет
Поиск по названию среди белков того же отдела (name:poly a polymerase taxonomy:aquificae) дал 17 результатов, рецензированных нет

Различия в количестве найденных белков объясняются тем, что в базе данных мало белковых последовательностей, принадлежащих бактериям из того же отдела (и семейства), что и наша бактерия.

Поиск по названию гистон(name:histone) дал 87071 результатов, из которых рецензированны 2048
Поиск по названию гистон И Грибы (name:histone taxonomy:fungi) дал 16803 результатов, рецензировано 503
Поиск по названию гистон И типе Членистоногие (name:histone taxonomy:arthropoda) дал 21484 результатов, рецензированных 137
Поиск по названию трипсин(name:trypsin) дал 11134 результата, из которых рецензированы 301
Поиск по названию ингибитор трипсина(name:trypsin inhibitors) дал 281 результатов, из которых рецензировано 104

Дополнительное задание:

4)Запись RefSeq менее подробна. В ней нет многой информации, например, указаний на идентификаторы в других базах даных и PDB файлы, молекулярной массы, подробного описания функций. Информация о таксономическом положении организма и сама последовательность белка присутствует. Также в RefSeq можно прочитать о сайтах связывания и краткий комментарий к содержанию статьи.

5)Изучение истории записи P05177(Cytochrome P450 1A2 человека): данная запись появилась в 11 января 1988 года под названием Q16754. Всего было 173 изменений. Последнее датируется 13 апреля 2016 года, однако сама последовательность полипептида (версия 3) не изменялась с 23 января 2007 года.

6)Метилирование, ацетилирование и фосфорилирование отмечаются как MOD_RES в разделе FT; наличие ионов металла как METAL в том же отделе; гликозилирование отмечается как CARBOHYD в разделе FT; дисульфидные связи - DISULFID в разделе FT; альтернативный сплайсинг - VAR_SEQ; варианты аминокислот в позиции - VARIANT Х1 -> Х2 (Х1, Х2 - варианты аминокислоты); селеноцистеин обозначается как U, пирролизин как O